Da Seine Majestät der Kaiser der Franzosen, König von Italien einer- und andern Seits Ihro Majestäten die Könige von Baiern und Würtemberg, Ihro Durchlauchten die Kurfürsten Reichserzkanzler und von Baden, der Herzog von Berg und Kleve, der Landgraf von Hessen-Darmstadt, die Fürsten von Nassau-Usingen und Nassau-Weilburg, die Fürsten von Hohenzollern-Hechingen und Hohenzollern-Sigmaringen, die Fürsten von Salm-Salm und Salm-Kyrburg, der Fürst von Isenburg-Birstein, der Herzog von Ahremberg, der Fürst von Lichtenstein und der Graf von der Leyen den Wunsch nährten, durch eine angemessene Übereinkunft den inneren und äußeren Frieden dem mittägigen Deutschland zu versichern, welchem, wie die Erfahrung seit langem und noch ganz neuerlich lehrte, die deutsche Reichsverfassung keine Art von Gewähr mehr leisten konnte, haben zur Abschließung derselben zu ihren Bevollmächtigten ernannt…
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这个问题提得很大啊…
首先说一下奥地利为什么有皇帝
这个大家一般都知道的了
自从1452年腓特烈三世在罗马加冕为神圣罗马帝国皇帝开始
哈布斯堡家族掌控神圣罗马帝国的帝位将近四个世纪，一直到帝国的覆亡
中间只有因为诸侯反对玛丽娅特蕾西娅而选举了不是哈布斯堡家父系的查理七世当过几年皇帝
而哈布斯堡家族在神圣罗马帝国内部的主要领地就在奥地利，每一个哈布斯堡家的皇帝都是以奥地利大公的身份被选举上去的（弗朗茨一世除外，当时的奥地利大公是其妻子玛丽娅特蕾西娅）
所以奥地利有皇帝这件事是不值得奇怪的
从题主的问题来看，我觉得题主更好奇的是为什么神圣罗马帝国覆灭之后奥地利君主依旧被称作皇帝。要解决这个问题我们就要来看19世纪欧洲传统皇帝法统的崩解。
而直接造成这个崩解的就是拿破仑。
这一段德语很长，大家也不用看懂，唯一要注意的就是开头的几个词
Seine Majestät der Kaiser der Franzosen
翻译成中文就是“法国人的皇帝陛下”
这是1806年宣布神圣罗马帝国死刑的莱茵邦联条约的开头
此前1804年的时候拿破仑已经自己加冕为法兰西皇帝了
这是欧洲历史上第一次有人没有任何法理依据自行称帝
此前的欧洲，皇帝这个称号不管怎么牵强附会也好都一定会追溯到罗马帝国
神圣罗马帝国、俄罗斯、东罗马帝国都是如此
所以要成为帝国是一个技术活
但是自从拿破仑称帝之后就开启了欧洲皇冠满地滚的时代，帝国不需要再和罗马帝国有什么联系。理论上说只要你高兴，你也可以宣布自己是皇帝，只要别人认可你这个称号就行。
所以简单来讲
为什么在德意志邦联的框架下奥地利依旧是帝国呢？
因为它高兴当帝国，而且它敢当帝国，别人也承认奥地利是一个帝国。
那为什么普鲁士只是王国呢？
因为它虽然高兴当帝国，但是当时它还不敢。因为当时它害怕自己打不过奥地利，而当时的英法俄奥也绝不会承认普鲁士的皇帝头衔。
但是经过了普奥和普法战争，普鲁士统一了德意志地区各邦国，这时候它就敢称帝了
事实上德意志帝国也成立了
所以
“为什么奥地利有皇帝？”
“因为奥地利有人乐意当皇帝。”
具体很复杂，一定会有历史达人引经据典来说明详细内容的。
其实也很简单，奥地利帝国皇室是哈布斯堡家族，哈布斯堡家族在15世纪以后长期把持神罗帝位，最后一代神罗皇帝弗朗茨二世败给拿破仑后保持了皇帝位（神罗实质解体），拿破仑称帝以后，改称奥地利皇帝兼任神罗皇帝，神罗于1806年法理解体后，奥地利帝国成为实体，奥地利皇帝正式成为奥地利帝国君主头衔。
本质上该头衔与神罗皇帝没有法理继承关系，两者是因为弗朗茨二世本人而产生联系的。但1815年成立的德意志联邦承认奥地利的永久主席地位，因此可以认为也承认奥地利皇帝与神罗皇帝有对位关系。此德意志联邦于普奥战争后处于实质解散状态，奥地利皇帝头衔此后仅对奥地利帝国本土有意义（匈牙利君主头衔是国王），其实没有与“国王”的实质区别，仅仅来自于头衔的历史继承关系，没有对位概念，除了体现哈布斯堡家族祖上很屌以外，也没有什么实质政治内涵。
大家不要把欧洲的皇位继承跟秦以后中国的皇帝继承等同了，欧洲的帝位继承其实跟周天子继承很像，极其重视血统，而欧洲各王室就像春秋诸侯一样存在广泛的相互联姻。哈布斯堡家族可是欧洲职业皇帝家族，基本上与其他欧洲王室或贵族都存在联姻。
1806年，拿破仑强行解散了神圣罗马帝国，历八百年的神圣罗马帝国灭亡，奥地利成为莱茵邦联的一部分。弗郎茨二世被迫以和亲的方式，把女儿玛丽·路易莎嫁给拿破仑。从此哈布斯堡王朝的势力大幅度衰落，无法恢复对全欧洲的影响力。——百度百科
看清楚了吧，拿破仑虽然武力强大，但仍旧逃不脱血统法则，还得强娶弗郎茨二世的女儿，成为弗郎茨二世的女婿，才能从法统上继承神圣罗马帝国的皇帝，否则你就算强迫教皇从梵蒂冈来巴黎，人家会给你加冕吗？不怕那些跟哈布斯堡家族有姻亲的其他王室联合造反（实际上他们还真造了拿破仑的反，谁让你只是个驸马而且出身只是个瘪三！）？
在拿破仑称帝三个月后的8月11日，弗朗茨二世宣布提升奥地利大公国为奥地利帝国，自称为奥地利皇帝弗朗茨一世，以回应拿破仑，并借机整合哈布斯堡王朝的领地。——百度百科
作为拿破仑皇帝的岳父和原神圣罗马帝国皇帝，弗朗茨二世自称皇帝是有足够资格的，难道拿破仑皇帝还能去征讨他的岳父？而西班牙王和英王纵使殖民地遍及四海，号称日不落帝国，然而在欧洲贵族体系中也只能乖乖当王，除了英王从印度搞来个欧洲人根本不屑一顾的印度皇帝。
欧洲此时就存在三个半皇帝，俄国沙皇、奥地利皇帝、法兰西皇帝和英王兼任的印度皇帝。除了英王兼任的印度皇帝（欧洲人根本不承认），其他三个皇帝全来自古罗马体系。看到么？欧洲虽然在国土上是碎片化的，但贵族体系（等级体系？）却基本上是从一而终的。就像中国春秋时代诸夏攘夷一样，欧洲诸国在殖民时代可是一同殖民全球的，到今天依旧如此，八国联军侵华的八国和G8的八国没什么不同。
简单来说，是被拿破仑逼的。
拿破仑称帝是一件，呃，很不讲游戏规则的事件。
毕竟欧洲天主教世界一千多年以来，去掉拉丁帝国和伊比利亚半岛上的那些自己称帝的杂鱼，只有一个皇帝的头衔，就是神圣罗马帝国皇帝。拜占庭和俄罗斯算是东正教文化圈，而且俄罗斯不算是个完全的欧洲国家。
拿破仑不管这些，那边哈布斯堡家的弗朗茨皇帝还在位呢，他就自顾自找来教皇加冕了。
最缺德的是，拿破仑这个皇帝的头衔，全称是“法兰西人的皇帝”。
自古以来皇帝这个头衔就是和天主教会和昔日罗马帝国的普世性捆绑在一起的。没有说把一个国家的名字作为皇帝头衔的前缀的。
太缺德了。
当然1804年哈布斯堡人或许还可以笑话拿破仑这个全无正统性的皇帝。但到了1806年形势就完全不同了。三皇会战已经证明了拿破仑的拳头比哈布斯堡的高贵家系管用的多。再加上普鲁士和奥地利之外的几乎全部德意志的邦国们已经迫不及待得加入拿破仑的莱茵邦联，以求得保护。德意志民族的神圣罗马帝国失去的它的绝大多数成员。所以，1806年，拿破仑以欧洲霸主的身份要求奥地利人放弃帝号，解散帝国，似乎也是顺理成章了。
当然我们都知道，三十年战争之后，神圣罗马帝国皇帝不过是个空头衔而已，哈布斯堡人放弃皇帝头衔，失去的主要是荣誉而不是实际利益。但哈布斯堡家族治下的领土并非统一的国家。其中有王国（匈牙利和波西米亚）大公国（奥地利）以及各种等级不一的领地。末代神圣罗马帝国皇帝弗朗茨在宣布自己成为奥地利皇帝的诏书中说：“我们国内所有等级的法律和传统特权不变。”这说明他的本意也只是图个方便：以前以皇帝的身份统治，现在还以皇帝的身份统治，以前的那一套还是不变的。还可以趁机把这些零散的领地整合成一个新的的国家，还与于荣誉无损，何乐而不为呢?
因为奥地利是德国皇帝啊，也就是神罗
而且到了拿破仑时代，奥地利自己从公国提升国格变帝国了