疾控事业是人、流程和技术的组合，因此疾控事业的管理分为硬件与软件两个方面，对于管理的“硬件”方面，我们是可以直接采用的，且能给疾控事业带来管理水平与效率的提高，诸如疾控事业会计电算化、疾控事业商务电子化及疾控业事信息化等，这些都是显而易见的。但涉及到与人有关的因素，就需要对管理辩证去分析了。比如，西方疾控业事搞绩效管理，很容易实施，但在我国疾控事业的采用绩效管理，实施起来就比较困难，主要原因是西方注重结果，而我国更关注过程，因此西方的管理理念、方法体系与我国现有的文化之间存在巨大差异，导致短时期内很难适应以及长期受传统文化熏陶的国民性格很难被改变，这势必导致国内疾控业事要成功实施绩效管理，就一定需要去先了解管理咨询是什么、中西方文化的差异、价值观取向与管理思维、组织意识形态与行为方式等。
一、疾控事业管理犹如有病求医，西医头痛医头，中医头痛医脚
疾控事业管理通常由具有相当管理技能与观点的专业人士，按疾控事业的要求，针对疾控业事项目生命周期中遇到的各种问题，确立项目主题，通过现场考察、书面资料评估、相关人员面谈等方式，对疾控业事现状作深入的剖析，发现疾控业事的问题所在；在充分调研的基础上，利用各种科学方法与实践经验，为改进疾控业事管理，谋求疾控业事持续发展而提供各种知识和服务，提出系统性的解决方案。
疾控业事管理犹如患者有病求医，西医通常是头痛医头，针对局部的病情通过物理诊断、化学诊断、影像诊断等进行系统检查，做出诊断，直接指出这是什么病，叫什么名称，比如是呼吸系统的疾病，像肺炎，是病毒感染还是细菌侵入造成的，讲得都很具体。西医是要求量化，要搞清楚到底是什么东西起了作用，具体是哪种成分在起作用，它有什么副作用，会不会对其他脏器造成损害，这些都要求有个标准。比如说一种药物，如黄岐，在西医里边要想做成药，就需要回答这种药是哪里的，用的是它的根还是它的叶，具体是哪种成分在起作用等问题。对于一种病的治疗效果到底怎样，也需要做到量化，这其中就包括是哪种药物的哪种成分起了作用，是否是药物的作用，还是有心理暗示作用，又或是病人自己就痊愈了等。
中医则是通过望、闻、问、切的诊断等定性方法，依据历史经验做出判断，得出寒热重症，这里的寒热重症讲的是一组症状的统称，不是指具体哪个脏器有什么病。中医讲究整体，无论是药物还是其他方法进行治疗，都不太注重具体细节的东西，因此在五脏六腑哪一部位出了问题时，通常是针对病情的多个系统，多种症状的集合体一起治疗。例如西医说到肝脾，就一定指身体里那个位置的一个器官，而中医常是将肝与肾与胃等合起来指称，在概念上要大很多。
了解了五行相生相克的道理，自然就会明白中医不是头疼医头，而是头痛医脚的原因。一个人感冒咳嗽了，肺部有了麻烦。肺是金，要想帮助金增加力量，必须先去扶助土，因为土能生金，土是脾胃，所以说一定要同时调理脾胃，并顾及到肾水及大小肠。事实上，金（肺）有毛病，一定会连累到土及水，所以肺有了咳嗽，胃气绝对不适，肾气也受肺金的影响，而引起耳鸣。中医的理论则根据五行，在治疗时，要找到病源之所在并进行彻底的治疗，所以不是头痛医头，这是其一；
其二，因各地气候环境不同，地理环境有异，造成医疗方面的偏差。譬如北方多温病，因此《伤寒论》只适用于南方；因南方属海洋亚热带的气候，用药的方法与北方完全不同。所以，如果将一样的药，一样的方法，应用到世界各地，而忽略气候环境的因素，那是不正确的。记得南怀瑾老师讲得他本人二十多年前的一桩事，“一朋友得了一身黄肿的病，由另一个中医朋友治疗，在他所开的药方中，使用了麻黄六钱，当时他大吃一惊，因为在大陆上用麻黄非常慎重，绝对不敢用这样多的量。然而他的病友吃了一两剂药未见效，那位中医朋友却又增加麻黄为一两。那时他实在忍不住询问中医，中医解释说，台湾药品质欠佳，成分有问题，再加上气候的因素，一两等于大陆上的两钱而已，岂知照他的处方服用后不久，病就好了”。由此证明，中医最重视的是气候，即气候环境。同理做管理是相同的，在西方很盛行的西方管理理论，在我国却未必行得通。
二、西方管理科学理论为何在我国“水土不服”
马云讲过“那些学术派出来的讲讲都是道理，讲讲都是对的，做起来全是错的。而且总是你错了，他不会错的。”究其何因，为何会导致这种结果。难道是理论错了吗？或许是我们的国民素质普遍低下，没有能力接受吗？笔者认为都不是。荀子主张“治之要在于知道”，而“知道”的方法则在于“虚一而静”，这就涉及到管理认识的包容性、专一性和稳定性。
西方的管理理论是对的，因为它们经过了西方管理实践的考验。学术派们讲得也是对的，因他们讲的是西方的管理理论，错的只是环境变迁了，导致西方的理论不能完全直接移植于我国的土壤之上。例如我们受西方管理思想的影响拿多少钱干多少活，事实上这一理论方法在我国是行不通的，你可以这么做，但你做的结果只能是：一不会得到上司赏识与重用；二影响自己的职业生涯发展。这一理论不能说错，但并不适合于我国的人文环境；就拿职位说明书的主要职责这一栏来说，我们会发现我国的单位最后都要加上这么一条“上级领导交办的其他任务”，在西方是不存在这一职责的，每一项职责都规定的清清楚楚，没有其他，这是由于西方的文化是个人主义盛行，各人管各人，他们则要求是非十分明确，表达也要清楚，任何事物非A即B，非B即A，对就是对，错就是错，一切遵照规定，大家依法行事，权利与义务划分清楚，一切事先说明白，而这一文化思想却在我国行不通，于是我们做管理的人则在其方法论的基础上融入了我国的传统文化，因我国是交互主义，你中有我，我中有你，相互包容，这就导致项目、要素不可能都写得非常具体与清楚，于是在我国却独创了这一项目“其他”，这样就包含了其他所没有涉及到的与欠考虑的事项。虽“五四运动”在思想、文化领域对儒家进行了全面的攻击，儒家独占一尊、一统天下的局面一去不复返了，但儒家的伦理精神年深日久，积淀于人们的行为模式、思想方法、立身处事之中，却凝集成积久难化的国民性格，直接影响着国人的价值观和行为取向，且在疾控事业的日常运营中自觉不自学将其运用其中，要想真正做好管理并能驾轻就熟，就得先了解中西方文化的差异。
